Reger wird von Felix Mottl an die Akademie der Tonkunst berufen und tritt sein Amt während des Schuljahrs 1904/05 am 1. Mai an, legt es aber wegen Unstimmigkeiten mit dem überwiegend konservativen Lehrkörper am Ende des folgenden Schuljahrs im Juli 1906 wieder nieder. Viele seiner Schüler folgen ihm in den Privatunterricht.

Reger hat auf Reisen in Deutschland, Österreich, den Niederlanden und der Schweiz große Erfolge, doch spitzen sich in München die Auseinandersetzungen mit dem »neudeutschen« Kreis um Ludwig Thuille, Max Schillings und den Kritiker Rudolf Louis zu. Beim Tonkünstlerfest des ADMV in Graz werden im Juni seine beiden Klavier-Variationen (Bach-Variationen op. 81, Beethoven-Variationen op. 86) begeistert aufgenommen, doch kommt es mit Schillings zum Bruch, in dessen Folge Reger im Januar 1906 aus dem ADMV austritt.

Am 28. September stirbt Regers Vater; der Sohn verspricht Mutter und Schwester, künftig für sie zu sorgen. Nur eine Woche nach der Beisetzung des Vaters findet in Essen am 8. Oktober die Uraufführung von Regers sinfonischem Erstling, der Sinfonietta op. 90, unter Felix Mottl große Beachtung, doch keine uneingeschränkte Zustimmung. Erst deren Wiederholung unter Fritz Steinbach in Köln bringt den Erfolg. Die Sinfonietta wird in der ersten Saison insgesamt 22-mal aufgeführt – zum Teil durch bedeutende Dirigenten wie (außer den genannten) Arthur Nikisch, Hermann Suter und Franz Schalk.

Am 8. Dezember spielt Reger für das im Jahr zuvor entwickelte Welte-Mignon-Reproduktionsklavier zehn kleinere Stücke ein.